O Departamento de Segurança Interna recruta um gênio e sua equipe de prodígios para proteger a nação contra uma nova e sofisticada geração de terroristas.
Scorpion acompanha Walter O'Brien (Elyes Gabel), um especialista em ciência da computação recrutado pelo agente Cabe Gallo (Robert Patrick) junto com outros prodígios da informática para participar de um projeto secreto do governo federal americano. O projeto Scorpion foi criado com a intenção de resolver complexos problemas de segurança nacional. Durante sua primeira missão, eles conhecem Paige (Katherine McPhee), uma garçonete cujo filho é uma criança superdotada.
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A série conta a história da vida de um gênio e sua rede internacional de contatos de super-gênios. Para se protegerem contra as ameaças do mundo moderno, juntos, eles formam uma linha de defesa.