A série começa logo após o assassinato do Professor Charles Xavier, fundador da Escola do Xavier para Jovens Superdotados, por Henry Gyrich, ex-membro do conselho de segurança do governo americano. De forma inesperada, o ato favorece na aceitação dos mutantes pelos humanos, algo instável anteriormente. A escola fica sob a administração da equipe principal de mutantes de Xavier, liderada agora por Ciclope e composta por Wolverine, Fera, Vampira, Tempestade, Gambit e Jean Grey, esta última grávida.
