As vidas da tripulação de apoio servindo em um dos navios menos importantes da Frota Estelar, os EUA Cerritos, em 2380. Os alferes Mariner, Boimler, Rutherford e Tendi têm de cumprir seus deveres e sua vida social, muitas vezes enquanto o navio é abalado por uma infinidade de anomalias da ficção científica.
Star Trek: Lower Decks é ambientado no universo Star Trek no ano 2380. A Terra, agora, é parte da Federação Unida dos Planetas, uma organização com várias espécies que comanda a galáxia. O time Starfleet, divisão de exploração e militarismo da Federação, opera uma série de naves espaciais que viajam por todo o universo estabelecendo contato com raças alienígenas. Lower Decks acompanha as aventuras da equipe de apoio que trabalha em uma das naves menos importantes da Frota Estelar.