Nick Fury descobre que uma facção de metamorfos Skrulls pretende invadir a Terra. Fury se junta a aliados incluindo Everett Ross, Maria Hill e o Skrull Talos, que estava vivendo na Terra. Juntos eles correm contra o tempo para impedir a invasão Skrull iminente e salvar a humanidade.
Secret Invasion é uma minissérie baseada na série de quadrinhos de mesmo nome da Marvel. A história acompanha o famoso agente da S.H.I.E.L.D. Nick Fury (Samuel L. Jackson) que, após descobrir um grupo de Skrulls (seres reptilianos capazes de mudar de forma) que invadiram e se infiltraram na Terra, precisa se reunir aos seus confiáveis aliados - entre eles Everett Ross (Martin Freeman), Maria Hill (Cobie Smulders) e Talos (Ben Mendelsohn) - para deter os alienígenas e fazer com que tudo volte ao normal. Porém, os humanóides não serão a única ameaça a cruzar o caminho do grupo.
Após eventos recentes no Universo Marvel, o agente especial Nick Fury está desaparecido, mas poucos sabem seu verdadeiro paradeiro e identidade. A trama é ambientada nos “dias atuais”, quando Fury passa a ter conhecimento da invasão secreta de Skrulls que acontece na Terra. Os alienígenas têm a capacidade de assumir outras formas, inclusive humanas. Cabe ao ex-comandante da SHIELD se infiltrar em organizações especiais para desvendar quem são os seres disfarçados e suas verdadeiras intenções.
