A história se passa no século XXVI, mais precisamente no ano de 2552, onde a humanidade já domina a exploração espacial. No entanto, um dos resultados dessa exploração é o conflito contra uma irmandade alienígena chamada Covenant. Um dos homens a estar na linha de frente nessa batalha é John-117 (Schreiber), um supersoldado geneticamente modificado pelo Programa SPARTAN-II cuja patente é de suboficial Master Chief (nomenclatura do qual o personagem é conhecido nos games).